1．1998年，中国科学院开始实施知识创新工程，近代物理研究所的发展也进入了一个全新的阶段。从1997年开始，近代物理研究所按照中科院“凝练科技目标，加强队伍建设，提升创新能力”的要求，对研究所的科研方向和目标、科研队伍、管理体制等方面进行了凝练和规划，为进入知识创新工程进行准备。经过几年的努力，于2001年加入了中科院知识创新工程二期序列。

　　2． HIRFL-CSR国家重大科学工程于1999年12月10日举行了奠基仪式。2000年4月，国家计委批准该项目的开工报告。从此，在项目管理委员会和工程指挥部的领导下，HIRFL-CSR工程正式开工建设。

　　3．从2005年2月到2007年12月，进行了HIRFL-CSR五个阶段的联合调束和中科院基础科学局组织的5次专家测试。在主环中，先后成功地实现了¹²C和³⁶Ar离子的注入、冷却、累积和加速，最后被加速到1GeV/u，环内离子数分别达2.7×10⁹ ppp和10⁸ ppp；利用¹²⁹Xe成功进行了多次多圈注入、累积、冷却和加速调试，将其从2.9MeV/u加速到235MeV/u，储存离子数达到2×10⁷ ppp。在实验环中，利用飞行时间方法进行了²⁸Si，³²S，³⁴Ci和³⁰P等原子核的质量测量实验，精度达到10^－5。

　　4．2007年12月，中科院组织进行了HIRFL-CSR工艺鉴定验收，确认工程各项技术指标均达到了验收要求，其中主环加速¹²C⁶⁺、³⁶Ar¹⁸⁺束流的两项主要指标超过了设计指标—最高能量均达到了1000 MeV/u，流强分别达到了1190 µA（7.5´10⁸ppp）和100µA（2×10⁷ppp）。

　　5．2008年7月30日，HIRFL-CSR工程通过了国家发展改革委主持的国家验收。验收意见认为， HIRFL-CSR工程按照国家批复文件，全面优质完成了建设任务，实现了验收指标，使我国第一台大型重离子加速器冷却储存环达到了国际先进水平，并具有了加速全离子的能力。验收委员会一致同意该工程通过国家验收，并正式投入运行。

　　6．为了进一步提高HIRFL加速极重离子的束流强度，2000年中科院批准近代物理研究所研制超导高电荷态ECR离子源。这是中科院创新工程重大项目，经过近5年的努力，于2005年建成了在磁场设计和结构方面都有所创新的超导ECR离子源， 2006年通过中科院组织的国内外专家进行的测试、鉴定和验收，并投入使用。这台离子源创造了国际上同类源引出流强的最高记录，于2007年获得甘肃省科技进步一等奖，2008年获得国家科技进步二等奖。

　　7．为了进一步发展重离子应用研究，在此期间还开始了强流电子加速器、320kV高压重离子应用研究装置的研发。320kV高压重离子应用研究装置于2007年建成投入使用，为重离子原子物理、表面物理和材料科学的研究提供了良好的条件。单相强流电子加速器也于2004年出束，进行了阶段性验收。

　　8．知识创新工程阶段，近代物理研究所开展的新核素合成研究跨入了超重核区，合成了105和107号元素的新同位素¹⁵⁹Db和¹⁶⁵Bh，同时在轻稀土质子滴线区和重丰中子区都有了新的收获，使合成的新核素数目达到25种，引起了国际同行的高度重视。奇－奇核高自旋态核结构的研究和高自旋态中的旋称反转研究取得了重要成果，首次建立了14种核的高自旋态能级纲图；极大地扩展了其它18种核的高自旋态能级纲图。与中重缺中子区近滴线新核素合成研究成果一起获得了2007年国家自然科学二等奖。

　　9．在多年重离子治癌基础研究及动物实验的基础上，近代物理研究所从2006年11月开始，与相关医院合作进入了重离子治癌临床试验治疗阶段，到2008年底共进行了7次试验，治疗了82例浅层肿瘤患者，取得了很好的治疗效果。经甘肃省科技厅批准，成立了“甘肃省重离子束治疗肿瘤临床研究基地”和“甘肃省重离子束辐射医学应用基础重点实验室”。

　　10．2005年詹文龙研究员当选为中国科学院院士。